Kelahiran UNUGHA Cilacap melalui proses panjang dan berliku. Keberadaanya bermula dari ide untuk mengembangkan IAIIG Cilacap menjadi unversitas. Pada waktu itu yang digagas adalah Universitas Islam Al Ghazali (UNIGHA). Karena secara de jure AIIG Cilacap masuk dalam pembinaan Direktorat Pendidikan Tinggi Islam Kementrian Agama, sedangkan universitas secara umum di bawah Direktorat Pendidikan Tinggi Kementrian Pendidikan Nasional, maka proses metamorfosis dari institut ke universitas melibatkan dua kementrian. Proses ini ditempuh selama bertahun-tahun. Sampai akhirnya muncul peluang baru untuk pendirian universitas, bukan peralihan bentuk institut ke universitas. Dalam hal ini adalah kebijakan Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU) yang sejalan dengan kebijakan Mentri Pendidikan Nasional saat itu.
Peluang ini ditangkap oleh tim pengusul UNUGHA yang diback up sepenuhnya oleh Yayasan Badan Amal Kesejahteraan Ittihadul Islamiyah (Ya BAKII) Kesugihan, untuk mengajukan usulan pendirian universitas, sesuai dengan tahapan yang jamak dilakukan di lingkungan Kementrian Pendidikan Nasional. Semua tahapan dilakukan dengan sebaik-baiknya. Sampai akhirnya UNUGHA Cilacap berhasil mendapatkan ijin operasional penyelenggaraan program studi Strata Sarjana (S1) dengan Keputusan Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor : 264/E//O/2014 tanggal 23 Juli 2014.
Dalam hitungan hari, tim pengusul dan publikasi UNUGHA bergerak cepat untuk segera di tahun tersebut (tahun akademik 2014/2015) untuk melakukan penerimaan mahasiswa baru. Dengan fakultas dan program studi yang ditawarkan ada 4 (empat) fakultas dengan 10 program studi. Keempat fakultas yang dimaksud adalah Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP), Fakultas Ekonomi (FE), Fakultas Matematika dan Komputer (FMIKOM) dan Fakultas Teknologi Industri (FTI).
Pertama. Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) menyelenggarakan 2 program studi yaitu (1) Program Studi Bimbingan dan Konseling (BK) dan (2) Pendidikan Guru SD (PGSD). Kedua. Fakultas Ekonomi (FE), juga menyelenggarakan 2 program studi yaitu (1) Program Studi Ekonomi Pembangunan dan (2) Manajemen. Ketiga. Fakultas Matematika dan Komputer (FMIKOM), menyelenggarakan 3 program studi, yaitu (1) Program Studi Matematika, (2) Teknik Informatika dan (3) Sistem Informatika. Keempat. Fakultas Teknologi Industri (FTI), dengan 3 program studi juga, yaitu: (1) Program Studi Teknik Mesin, (2) Teknik Kimia dan (3) Teknik Industri.
Selanjutnya dalam rangka pengawalan terhadap pengembangan dan mutu penyelenggaraan pendidikan tinggi di UNUGHA, telah dilakukan penandatanganan nota kesepahaman antara Yayasan Badan Amal Kesejahteraan Ittihadul Islamiyah dengan Universitas Jendral Soedirman Purwokerto Nomor : ybk. 1271/01/DP/PP.00/MoU/2013 dan Nomor : 2320/UN23/KS.00.00/2013 tanggal 16 Mei 2013, yang akan diikuti dengan penandatangan MoU dengan beberapa pihak yang sudah ditetapkan pimpinan.
Universitas Nahdlatul Ulama Al Ghazali (UNUGHA) Cilacap berasal dari inisiasi perubahan status Institut Agama Islam Imam Ghozali (IAIIG) Cilacap menjadi sebuah Universitas. Dalam prosesnya, perubahan ini tidak serta merta mengubah IAIIG Cilacap menjadi UNUGHA Cilacap, namun berubah menjadi pendirian universitas baru dibawah naungan Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU). UNUGHA Cilacap berstatus perguruan tinggi dibawah naungan PBNU yang dikelola oleh Lembaga di masyarakat. Lembaga masyarakat yang mengelola dan bertanggung jawab dalam keberlangsungan UNUGHA Cilacap adalah Yayasan Badan Amal Kesejahteraan Ittihadul Islamiyah (Ya BAKII) Kesugihan. Berdasarkan sejarah diatas, IAIIG Cilacap direncakan bergabung dengan UNUGHA Cilacap di masa mendatang. Saat ini, penggabungan IAIIG Cilacap ke dalam UNUGHA Cilacap masih menunggu keputusan dari Kementerian Agama dan Kemendikbud. UNUGHA Cilacap berdiri berdasarkan ijin operasional penyelenggaraan Progam Sarjana Strata satu (S1) melalui Keputusan Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor : 264/E//O/2014 tanggal 23 Juli 2014. Berdasarkan SK tersebut, UNUGHA Cilacap memiliki 4 (empat) Fakultas, yaitu :
- Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP),
- Fakultas Ekonomi (FE),
- Fakultas Matematika dan Ilmu Komputer (FMIKOM) dan
- Fakultas Teknologi Industri (FTI).
UNUGHA Cilacap dikelola oleh Badan Penyelenggara Pengelola (BPP) UNUGHA Cilacap dibawah naungan Yayasan BAKII Kesugihan. FMIKOM menyelenggarakan 3 (tiga) program studi yaitu :
1) Matematika (telah terakreditasi pada tahun 2019 melalui SK No 2770/SK/BAN- PT/Akred/S/VII/2019);
2) Teknik Informatika (telah terakreditasi pada tahun 2019 melalui SK No
2905/SK/BAN-PT/Akred/S/VIII/2019); dan
3) Sistem Informasi.
Pada Perkembangan Selanjutnya Pada Tahun 2020 Dengan Dikeluarkanya SK Kementrian Agama, Secara Resmi IAIIG Melebur menjadi Fakultas Keagamaan Islam (FKI)